გარემოს ინტეგრირებული მართვის დეპარტამენტის კომპეტენციაა:

ა) საქართველოს მთელ ტერიტორიაზე ატმოსფერული ჰაერის დაცვის სახელმწიფო პოლიტიკის რეალიზაციის უზრუნველყოფა;

ბ) ატმოსფერული ჰაერის დაცვის ღონისძიებების პრიორიტეტულ მიმართულებათა განსაზღვრა;

გ) ატმოსფერული ჰაერის დაბინძურების წყაროებისა და მათ მიერ გაფრქვეულ მავნე ნივთიერებათა ინვენტარიზაციის ტექნიკური ანგარიშისა და ზღვრულად დასაშვები (ან დროებით შეთანხმებული) მნიშვნელობების განხილვისა და დამტკიცების უზრუნველყოფა კანონმდებლობით დადგენილი წესით;

დ) საქართველოს მთელ ტერიტორიაზე ზედაპირული წყლის რესურსების დაცვის სფეროში სახელმწიფო პოლიტიკის რეალიზაციის უზრუნველყოფა, წყალსარგებლობის სახელმწიფო აღრიცხვა და წყალსარგებლობის ნორმირება;

ე) წყალდაცვითი ღონისძიებების პრიორიტეტულ მიმართულებათა განსაზღვრა, მათი განხორციელებისათვის გამიზნულ სამუშაოთა შესრულების კოორდინაცია;

ვ) წყლის სახელმწიფო კადასტრის, წყალსამეურნეო ბალანსების, წყლის კომპლექსური გამოყენებისა და დაცვის გენერალური სქემების შესადგენ სამუშაოთა ორგანიზება;

ზ) წყლის ობიექტებში დამაბინძურებელ ნივთიერებათა ზღვრულად დასაშვები ჩაშვების (ზდჩ) ნორმატივების განხილვისა და დამტკიცების უზრუნველყოფა კანონმდებლობით დადგენილი წესით;

თ) ნარჩენებისა და ქიმიური ნივთიერებების მართვის სფეროში სახელმწიფო პოლიტიკის შემუშავებაში მონაწილეობის მიღება და მისი რეალიზაციის უზრუნველყოფა საქართველოს მთელ ტერიტორიაზე, პრიორიტეტულ მიმართულებათა განსაზღვრა, მიზნობრივი პროგრამების შემუშავება და მათი განხორციელების ორგანიზება;

ი) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში საკანონმდებლო აქტების პროექტების შემუშავებაში მონაწილეობა, შესაბამისი კანონქვემდებარე ნორმატიული აქტების მომზადება;

კ) თავისი კომპეტენციის ფარგლებში ატმოსფერული ჰაერის დაცვის, წყლის, ნარჩენებისა და ქიმიური ნივთიერებების მართვის სფეროებში საერთაშორისო ვალდებულებათა შესრულება;

ლ) გარემოს მდგომარეობის შესახებ ეროვნული მოხსენების პროექტის მომზადებაში მონაწილეობა.